１．労働基準監督官が行う立入調査について

　労働基準監督署の労働基準監督官は、各種労働関係法令の遵守の有無の確認を目的として、事業場、寄宿舎その他の附属建設物に臨検し、帳簿及び書類の提出を求め、又は使用者若しくは労働者に対して尋問を行うことができるとされており（労働基準法第１０１条第１項）、会社における立入調査（臨検監督ともいいます。）を行う権限を有しています。
　立入調査については、会社側は拒否することはできず、基本的にはご質問のケースのように事前に労働基準監督署から電話等により連絡が来ることが多いですが、抜き打ちで会社に訪問するケースもございます。
　立入調査については、会社における労働関係に関する資料（就業規則・賃金規程等の社内規程、雇用契約書、給与明細及びタイムカードなどの労働条件や労働環境・労働実態が分かる一切の資料）の提出を求められます。また、労働基準監督官らからの使用者（会社の責任者）へのヒアリングはもとより、実際に事業場内の立入りや従業員へのヒアリング等がなされ、会社の労働実態を把握し、各種労働関係法令を遵守しているかどうかについての確認がなされることとなります。
　なお、この立入調査が行われる契機については、労働基準監督署における年度の監督計画に基づき、定期的になされる調査、労働災害が生じたときになされる調査、及び労働者の申告に基づきなされる調査等、様々なケースがあります。

２．立入調査後の流れについて

　立入調査により、会社の労働条件や労働環境・労働実態の確認がなされた後、労働基準監督署の労働基準監督官が会社において改善が必要な点を認めた場合、その点について改善指導がなされます。また、各種労働基準関連法令に抵触又は同法令の違反が認められる場合には、是正勧告がなされます。これらの改善指導や是正勧告がなされると、その改善指導や是正勧告の対象となる項目が記載された指導票や是正勧告といった書面が交付されます。また、当該書面においては、改善・是正等の実施事項ごとに改善・是正の期限が定められています。
　会社としては労働基準監督署（労働基準監督官）に対して、その実施事項ごとに指定された期限までに、改善・是正をし、改善・是正したことを書面（是正報告書）で報告する必要があります。
　なお、労働基準監督官が定めた改善や是正等を行う期限について、どうしても間に合わない場合は、その旨を労働基準監督官に相談することで、期日の変更や期限を延長してもらうことが可能な場合もあります。

３．是正勧告等に従わない場合のペナルティについて

　会社としては、労働基準監督官から立入調査の結果、各種労働関係法令違反が認められた場合であっても、極めて悪質な場合を除き、直ちに罰則等が科されるケースはなく、上記のとおり、まずは、各種労働関係法令違反の項目を指摘した是正勧告がなされます。
　ただし、労働基準監督官から是正勧告がなされた場合において、労働基準監督官が定めた期日までに是正報告書を提出せず、その是正勧告に従わなかった場合、その法令違反の内容ごとに定められた罰金刑又は懲役の刑事罰が科される可能性があります。たとえば、３６協定を労働基準監督署に提出せずに時間外労働等をさせた場合には、「六箇月以下の懲役又は三十万円以下の罰金」の罰則が定められており（労働基準法１１９条第１号）、懲役刑も予定されていることから、決して軽微な罰則ではありません。
　なお、労働基準監督官については、労働基準法違反に関しては、刑事訴訟法における司法警察員の職務を行う（すなわち逮捕や刑事訴訟法上の捜査等をする権限を有する）とされており（労働基準法第１０２条）、立入調査や是正勧告がなされた場合については、会社としては慎重な対応を行う必要があります。